История мини-футбольного клуба «Мытищи» берет свой отсчет с 2002 года. Именно в тот год был создан футбольный клуб "Мытищи" и старт в новом сезоне взяли две команды - по классическому большому футболу и по мини-футболу.
Мини-футбольная команда провела свой первый матч 16 ноября 2002 года, добившись победы над ФК «Дмитров» в матче Второй лиги российского первенства. Главным тренером мытищинцев стал Михаил Бондарев, который тремя годами раннее, в качестве наставника сборной России по мини-футболу выиграл золото чемпионата Европы. В первом же сезоне «Мытищи» сумели заработать путёвку в Первую лигу, во втором - уже в Высшую лигу. Проведя там два сезона, подмосковной команде удалось пробиться и в Суперлигу - элитный дивизион российского мини-футбола.
Таким образом, «Мытищи» начали сезон 2006/07 среди сильнейших команд страны. В дебютном сезоне команда заняла предпоследнее место, сумев обогнать лишь «Политех». В следующем чемпионате, помимо петербуржцев, подмосковная команда опередила еще и уфимскую «Динамо-Тималь».
Более успешным стал для «Мытищ» сезон 2008/09, когда они стали восьмыми, сумев занести в актив гостевую победу над чемпионом — «ВИЗ-Синарой». Однако восьмое место в том чемпионате, проходившем без раунда плей-офф, и по сей день является наивысшим достижением клуба. В последние годы МФК «Мытищи» каждый сезон являются одним из претендентов на попадание в плей-офф, но, тем не менее, еще ни разу в эту стадию не проходили. В прошедшем чемпионате команда была как никогда близка к заветной цели, однако в решающем матче последнего тура «регулярки» в очном поединке уступила дорогу «Новой генерации», которая в итоге стала полуфиналистом сезона.
Перед стартом нынешнего сезона мытищинцы сумели сохранить костяк команды, произведя замену лишь в заявке легионеров. Вместо покинувших клуб Де Баила и Женарио в команду пришел лучший бомбардир финальной части Кубка УЕФА 2012/2013 экс-кайратовец Фумаса, а также бывший лидер атак МФК КПРФ Мурило. Однако качественное на первый взгляд усиление пока не дало весомых плодов – перед отчетными поединками «Мытищи» располагаются на 12й строчке в турнирной таблице, набрав в 12 играх 11 очков.