История МФК КПРФ берет начало в 2003 году, когда перед выборами в Государственную Думу по предложению тогда еще существовавшей «Партии жизни» в МГИМО соревновались представители КПРФ, молодежных «Единой России», СПС, Яблока и ЛДПР. Тогда, обыграв по ходу турнира ЛДПР со счетом 4:0 и разгромив единороссов со счетом 10:2, КПРФ в финале по пенальти выиграла у хозяев – «Партии жизни». Тренером команды был первый зампред ЦК КПРФ Иван Мельников. Спустя некоторое время, пришла идея создать на основе того победного временно собранного вместе коллектива – постоянную мини-футбольную дружину для участия в официальных соревнованиях. И все последние годы МФК «КПРФ» выступал в Чемпионате Москвы, из года в год улучшая подготовку и усиливая состав, капитаном которого был Иван Мельников, старший сын первого зампреда ЦК КПРФ.

В сезоне 2007/2008 команда сделала качественный шаг вперед, во многом благодаря тому, что играть в ней изъявил желание ряд профессиональных футболистов. И МФК КПРФ стала одним из ведущих коллективов Чемпионата Москвы, заняв в том сезоне второе место. 

А уже в сезоне 2008/2009 состав оказался просто на славу. В МФК КПРФ собрались пять заслуженных мастеров спорта, имена которых широко известны болельщикам всей страны. Это Аркадий Белый, Александр Верижников, Дмитрий Горин, Михаил Маркин и Илья Самохин, имеющие богатый опыт выступлений не только за легендарную команду «Дина», в свое время неоднократно становившуюся лучшей командой страны, но и за сборную России, в составе которой они завоевали звание чемпионов Европы по мини-футболу. И результат не заставил себя ждать. Команда стала Чемпионом Москвы с результатом 18 побед, 4 ничьих, 0 поражений!

После такого удачного сезона, Геннадий Андреевич Зюганов и руководство партии устроили команде КПРФ торжественный прием в ГД РФ, где было принято решение создать настоящий профессиональный мини-футбольный коллектив и попробовать свои силы с лучшими командами России в Высшей лиге. 

В первый сезон в Высшей лиге МФК КПРФ занял шестое место. Но уже во втором - одержал уверенную победу и добился права выступать в Суперлиге. Параллельно, команда "КПРФ-Москва" впервые в своей истории выиграла Кубок столицы.

В своем первом сезоне в чемпионате российской Суперлиги МФК КПРФ занял одиннадцатое место. В два последующих сезона в высшем свете российского мини-футбола коммунистический коллектив неизменно входил в число претендентов на попадание в плей-офф, а в Кубке России даже преподнес две сенсации, обыграв "Тюмень" и "Дину".