История МФК КПРФ берет начало в 2003 году, когда команда коммунистической партии начала соревноваться с коллективами других политических партий Российской Федерации. Со следующего года «коммунисты» начали участвовать в чемпионате Москвы, в сезоне 2007/2008 став одним из лидеров этих соревнований за счет привлечения целого ряда профессиональных футболистов.
В сезоне 2008/2009 команду усилили именитые экс-футболисты легендарной «Дины» — Аркадий Белый, Александр Верижников, Дмитрий Горин, Михаил Маркин и Илья Самохин. КПРФ с ходу выиграл чемпионат Москвы, не потерпев в турнире ни одного поражения, после чего руководством партии было принято решение создать профессиональный мини-футбольный клуб и принять участие в розыгрыше Высшей лиги.
В первый сезон в Высшей лиге КПРФ занял шестое место. Но уже во втором одержал уверенную победу и добился права выступать в Суперлиге. Дебютный сезон 2011/2012 гг. в элите российского мини-футбола стал для «коммунистов» неудачным — команда заняла предпоследнее 11 место в регулярном чемпионате, не попав в раунд плей-офф.
Прошедший чемпионат КПРФ также провалил - «коммунисты» стали худшей командой первенства, замкнув турнирную таблицу чемпионата. Не помогли и две перестановки на тренерском мостике по ходу сезона — осенью на пост главного тренера вместо Михаила Маркина был назначен Виктора Владющенков, которого, в свою очередь, в середине сезона сменил Темур Алекберов.
Нынешний сезон складывается для КПРФ более удачно. К предстоящему матчу команда подходит на восьмом месте в чемпионате России, находясь в заветной зоне плей-офф. Лучший бомбардир "коммунистов" на этом отрезке Мурило забил в 23 матчах 15 мячей.