Датой рождения «Тюмени» считается 30 августа 1999 года, именно в этот день команда под названием «Сибнефтепровод» провела свой первый официальный матч. Выступления в рамках первенства России «Сибнефтепровод» начал с турнира Первой лиги, который тюменцы выиграли со второй попытки и завоевали путевку в Высшую лигу. Добившись повышения в классе, клуб лишился титульного спонсора и обрел свое нынешнее название — МФК «Тюмень». С 2001 года тюменцы являются бессменными участниками чемпионатов страны в элитном дивизионе.

Лучшим достижением клуба в чемпионате России до сезона 2009/2010 было лишь четвертое место.  Однако в 2009 году на роль главного тренера был приглашен специалист из Бразилии Бето, и именно под его руководством «Тюмень» впервые завоевала медали чемпионата – серебряные награды в 2010 году. В этом же сезоне было показано максимальное достижение и в Кубке России - сибиряки вышли в финал, где в упорной борьбе уступили московскому «Динамо-Ямалу». Следующие два года команда оставалась без медалей, однако сезон 2012/2013 выдался для команды уже гораздо более успешным. В Кубке России «Тюмень» второй раз  в своей истории вышла в финал турнира, а в чемпионате подопечные Евгения Осинцева заняли третье место, обыграв в «бронзовой» серии «Сибиряк».

Перед стартом прошлогоднего чемпионата «Тюмень»  возглавил экс-тренер национальной сборной Бразилии Маркос Сорато. Под руководством именитого наставника тюменцы выдали ударное начало первенства и к 10му туру даже шли на первом месте в турнирной таблице, однако во втором круге результаты команды пошли на спад, и к финишу «регулярки» клуб из Тюмени пришел четвертым, а в плей-офф на первой же стадии уступил «Сибиряку».  

Неудачно проведенный сезон заставил руководство клуба коренным образом поменять политику комплектования команды. В прошедшее межсезонье тюменцев покинул весь бразильский тренерский штаб, а также все бразильские игроки, долгое время определявшие игру команды. Ставка была сделана исключительно на доморощенных игроков, которыми всегда славилась «Тюмень», а на должность главного тренера был назначен местный специалист Евгений Осинцев, уже приводивший тюменцев к бронзовым медалям чемпионата. Под руководством «нового старого» главного тренера «Тюмень» проводит текущий чемпионат в середине турнирной таблице и к матчу с «Сибиряком» подходит на 6й строчке в табели о рангах. Лучший бомбардир команды на этом отрезке Артем Антошкин в 25 играх забил 27 мячей.