Мини-футбольный клуб «Динамо» - флагман отечественного мини-футбола последнего десятилетия. Динамовцы являются приемником мини-футбольного клуба «Интеко», созданного в 1999 году. В сезоне 2001/2002 он получил право на участие в Высшей лиге, на тот момент являвшейся элитным дивизионом страны. В ходе того сезона клуб сменил название на «Динамо-23», а после его окончания был расформирован. На его основе и был создан МФК «Динамо».
Уже в первом сезоне динамовцам удалось выйти в плей-офф чемпионата России, в финале которого бело-голубые встретились с «Норильским никелем». После победы в первом финальном матче и проигрыша во втором, всё должен был решить матч в Норильске. В нем москвичи вырвали победу со счетом 8:7 и завоевали для клуба первый чемпионский титул.
Победа в Норильске положила начало чемпионской серии «Динамо», ненадолго прерванной лишь в сезонах 2008/2009 и 2009/2010, в результате которой бело-голубые стали девятикратными чемпионами России. Также москвичи восемь раз выигрывали Кубок страны. Стоит отметить, что первые четыре чемпионских титула и пять званий обладателя Кубка России команда завоевала под руководством нынешнего главного тренера "Сибиряка" Юрия Руднева.
В сезоне 2003/2004 «Динамо» впервые взяло старт в Кубке УЕФА по мини-футболу. Несмотря на то, что матч против голландского клуба «Вест Старз» был окончен со счётом 11:2 в пользу москвичей, за использование игрока, не имевшего права выходить на площадку, им было засчитано техническое поражение, и в следующую стадию турнира прошли голландцы. В следующем розыгрыше «Динамо» удалось дойти до финала, где российский клуб в овертайме уступил бельгийскому "Аксьон 21". Через год «Динамо» вновь доходит до финала и вновь уступает, на этот раз испанскому «Бумеранг Интервью».
После двух неудач в финале, в сезоне 2006/2007 «Динамо» наконец удалось стать первым российским обладателем Кубка УЕФА. Взяв реванш за прошлогодний проигрыш, москвичи обыграли «Бумеранг Интервью» со счётом 2:1. Этот успех так и остался для динамовцев единственным в самом престижном клубном соревновании Европы - еще два раза подопечные Тино Переса играли в финале, но уступили поочередно "Барселоне" и "Кайрату".