Датой рождения клуба считается 30 августа 1999 года, именно в этот день команда под названием «Сибнефтепровод» провела свой первый официальный матч. Выступления в рамках первенства России «Сибнефтепровод» начал с турнира Первой лиги, который тюменцы выиграли со второй попытки, завоевав путевку в Высшую лигу. Добившись повышения в классе, клуб лишился титульного спонсора и обрел свое нынешнее название — МФК «Тюмень». С 2001 года тюменцы являются бессменными участниками чемпионатов страны в элитном дивизионе.

 Лучшим достижением клуба в чемпионате России до сезона 2009/2010 было лишь четвертое место.  Однако в 2009 году на роль главного тренера был приглашен специалист из Бразилии — Бето, и именно под его руководством «Тюмень» впервые завоевала медали чемпионата. В мае 2010г., в год своего 10-летнего юбилея, команда добилась наивысшего результата в своей истории — серебряных медалей первенства. В этом же сезоне было показано максимальное достижение и в Кубке России — команда вышла в финал, где в упорной борьбе уступила московскому «Динамо-Ямалу». Следующие два сезона команда оставалась без медалей, однако прошедший сезон 2012/2013 выдался для команды уже гораздо более успешным. В Кубке России «Тюмень» второй раз  в своей истории вышла в финал турнира, а в чемпионате подопечные Евгения Осинцева стали третьими.

 Перед стартом нынешнего чемпионата в «Тюмени» произошла перестановка на тренерском мостике – вместо Осинцева главным тренером команды был экс-тренер национальной сборной Бразилии Маркос Сорато. Под руководством нового наставника тюменцы выдали ударное начало первенства и к 10му туру даже шли на первом месте в турнирной таблице, однако во втором круге результаты команды пошли на спад и в заключительном туре «регулярки» подопечные Сорато в очном споре с «Диной» решали кому достанется третья строчка в таблице.  Победу со счетом 4:1 одержали диновцы, «Тюмень» опустилась на 4е место и в плей-офф составила пару «Сибиряку».