Футбольный клуб "Политех" был основан в 1995 году на базе Санкт-Петербургского государственного политехнического университета по инициативе в то время Первого Проректора, а ныне Ректора Университета и Президента Клуба Михаила Петровича Федорова и Кирилла Владимировича Мирзояна, ставшего Главным тренером Команды.
Спортивный путь «Политехник», именно так называлась тогда команда, состоявший из студентов и выпускников Университета, начал со 2-ой группы Первенства Санкт-Петербурга. Первые три сезона - 1995/96, 1996/97, 1997/98 команда выступала только в городских соревнованиях, из года в год, поднимаясь выше на ступень в мини-футбольной иерархии.
В сезоне 1998/99 «Политехник» стал Чемпионом Северо-Западного дивизиона (т.е. Санкт-Петербурга), успешно дебютировал в региональном дивизионе «Б» Первой лиги Первенства России, заняв в итоге 1-е место, сменил статус любительского клуба на профессиональный и название на более короткое и звучное «Политех».
По итогам сезона 1999/2000 году клуб занял уже второе место в дивизионе «А» Первой Лиги, что дало ему право играть в Высшей Лиге Чемпионата России, которым «Политех» и воспользовался. Следующий сезон 2000/01 «Политех» завершил на хорошем для дебютанта 10 месте (из 16-ти) в сильнейшей лиге России.
К сожалению, за последующие несколько лет петербуржцам улучшить свои турнирные показатели в российских соревнованиях не удалось. В 2003 г. в связи с сокращением элитного дивизиона до 12 команд и образованием двух лиг - Суперлиги Высшей - и ФК «Политех», занявший 13 место в Чемпионате 2002/03, в число сильнейших команд России не вошел. Руководство клуба приняло решение не участвовать в общероссийских соревнованиях 2003/04, взяв «сезонную» паузу для развития клуба. В этот период были созданы дублирующий состав и юношеские команды клуба, выступающие в Первенствах города и России среди своих сверстников.
В 2004 году в третий раз, завоевав титул Чемпиона Санкт-Петербурга, «Политех» вернулся в Высшую лигу Чемпионата России, заняв 7 место по итогам сезона 2004/05.
Следующий сезон 2005/06 стал одним из знаменательнейших в истории клуба - ФК «Политех» выиграл «бронзу» Первенства России по мини-футболу среди команд Высшей лиги, и это позволило команде уже в сезоне 2006/07 дебютировать в элитном дивизионе России - Суперлиге, где в настоящее время и выступает.
Дважды команда выходила в плей-офф Чемпионата России: (2010/11 - с 7 места и 2012/13 - с 8 места).